O NAÍD possui protocolos com diversas instituições, nomeadamente a ACAPO (Associação de Cegos e Amblíopes de Portugal), APPCDM (associação Portuguesa de Pais e Amigos do Cidadão com Deficiência Mental), CRPG (Centro de Reabilitação Profissional de Gaia), Centro Social e Paroquial de Alfena, Legião da Boa Vontade e DREN (Direção Regional de Educação do Norte). Estes protocolos têm como grande finalidade potenciar um trabalho de colaboração entre as diferentes organizações, em que o NAÍD disponibiliza os seus recursos técnicos para estas instituições poderem deslocar-se aos espaços do núcleo para utilizarem as tecnologias com os seus grupos de pessoas.
Associação de Cegos e Amblíopes de Portugal delegação local de Braga – ACAPO: Protocolo assinado a 21 de Outubro de 2008 estabelecendo entre o NAID e a ACAPO formas de cooperação em diversos domínios de mútuo interesse, tais como: Estágios de Formação Profissional, partilha de projectos e outros âmbitos de colaboração que venham a ser considerados pertinentes pelas partes. (Nesta âmbito o NAID recebeu os seguintes estagiários: Jorge Leite (De 4 de Abril de 2006 a 31 de Julho de 2007), João Silva (De 4 de Abril de 2006 a 31 de Julho de 2007), Tomás Aparício (De 12 Junho 2008 a 23 de Dezembro de 2010)
Instituto Politécnico do Porto – IPP: Protocolo assinado a 8 de Janeiro de 2007 entre a ESE, pelo NAID, e o IPP estabelecendo-se que a primeira deverá apoiar as restantes unidades orgânicas do IPP em matéria de apoios a estudantes portadores de deficiência e de desenvolvimento de políticas de inclusão relacionadas com tecnologias de apoio, sem prejuízo da existência de adendas futuras ou protocolos específicos para outros tipos de colaboração. No âmbito de uma estratégia de integração e optimização de recursos, entenderam ambas as partes que é de interesse mútuo que as actividades desenvolvidas no NAID possam estender-se a todas as unidades orgânicas do IPP, em articulação com os Serviços de Acção Social do Instituto, ou mesmo integrar o plano estratégico de actividades do próprio Politécnico, tendo como contrapartida um programa de apoio institucional e financeiro que permita a evolução e qualidade dos serviços prestados pelo Núcleo.
Associação de Pais e Amigos do Cidadão Deficiente Mental – APPACDM: Através da sua Unidade de Ensino Especial (Dr. Leonardo Coimbra): Protocolo assinado a 28 de Maio de 2008, estabelecendo-se entre o NAID e a APPACDM formas de cooperação em diversos domínios de mútuo interesse na área das tecnologias da informação e da comunicação e tecnologias de apoio, nomeadamente na partilha de projectos, acesso a instalações e equipamentos, frequência de actividades formativas e outros âmbitos de colaboração que venham a ser considerados pertinentes pelas partes.
Associação do Porto de Paralisia Cerebral – APPC : Protocolo assinado a 19 de Dezembro 2007, estabelecendo-se entre o NAID e a APPC formas de cooperação em diversos domínios de mútuo interesse, tais como: Estágios de Formandos em Formação Profissional, partilha de projectos e outros âmbitos de colaboração que venham a ser considerados pertinentes pelas partes.
Direcção Regional de Educação do Norte – DREN (2008) : Agrupamento de Escolas do Cerco do Porto, Agrupamento de Escolas Fernando Távora, Agrupamento de Escolas de Cinfães, Agrupamento de Escolas da Abelheira, Agrupamento de Escolas Dr. Francisco Gonçalves, Carneiro Agrupamento de Escolas Luciano Cordeiro, Agrupamento de Escolas Prof. Dr. Carlos Alberto Ferreira de Almeida: Protocolo assinado a 25 de Novembro de 2008, tendo por objecto proporcionar aos Centros de Recursos TIC um Serviço de suporte, conducente à necessária promoção da literacia tecnológica das Comunidades Educativas, na área de abrangência dos Centros de recursos TIC, criando as condições para a constituição de uma efectiva rede de Agrupamentos de Escolas na área das Tecnologias de apoio e nos domínios do conhecimento com elas relacionadas, e uma cada vez maior qualificação da resposta educativa proporcionada aos Alunos que constituem o Grupo Alvo da educação Especial.